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6-1、基本數(shù)據(jù)分析： （1） 序列前處理工作，包括成對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)的序列匹配，裁減低質(zhì)量部分，數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換等 （2） 序列拼接，Scaffolding，對(duì)454數(shù)據(jù)的homopolymer進(jìn)行修正等。 （3） 用多種主流基因預(yù)測(cè)軟件預(yù)測(cè)基因并挑選最合適的代表基因結(jié)構(gòu)。 （4） tRNA/rRNA識(shí)別和分類。 （5） 基因組GC含量分析，并識(shí)別特異區(qū)域。 （6） 基因功能注釋（包括同源注釋和蛋白結(jié)構(gòu)域識(shí)別）。 （7） 基因功能分類，參照Gene Ontology或COG標(biāo)準(zhǔn)（由用戶指定標(biāo)準(zhǔn)）。 6-2、生物信息高級(jí)分析： （1） 提供圖型化界面由用戶人工確認(rèn)基因結(jié)構(gòu)和基因功能注釋。 （2） 重復(fù)序列識(shí)別和分類。 （3） 基因家族識(shí)別和聚類。 （4） 基因功能聚類，參照FunCatDB標(biāo)準(zhǔn)。 （5） 代謝調(diào)控途徑識(shí)別和重建。 （6） 轉(zhuǎn)錄因子（Transcription Factor）識(shí)別和分類分析。 （7） 分泌蛋白識(shí)別和分析。 （8） 蛋白激酶識(shí)別和分析。 （9） 轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(Transporter)識(shí)別和分析。 （10） 假基因（pseudogene）識(shí)別和分析。 （11） SSR標(biāo)記模式識(shí)別和預(yù)測(cè)。 6-3、表達(dá)組深度測(cè)序分析： （1） 深度測(cè)序Mapping和表達(dá)差異統(tǒng)計(jì)分析。 （2） cSNP識(shí)別。 （3） 依據(jù)表達(dá)量進(jìn)行基因功能聚類，由已知基因推斷未知基因功能。 6-4、比較基因組分析 （1）Synteny block分析。 （2）其他比較基因組分析。 6-5、基因組數(shù)據(jù)庫構(gòu)建 （1） 構(gòu)建項(xiàng)目數(shù)據(jù)庫： （2） 項(xiàng)目整體介紹（包括一些個(gè)性化圖片等）。 （3） BLAST序列比對(duì)界面。 （4） 基因組總體結(jié)構(gòu)瀏覽界面（GenomeBrowser）。 （5） 分類基因?yàn)g覽界面（FunCatDB／Gene Ontology樹形瀏覽各 類別的基因） （6） 有特色的基因家族瀏覽界面（需用戶提供驗(yàn)證過的數(shù)據(jù)）。 （7） 有特色的代謝調(diào)控途徑瀏覽界面（需用戶提供驗(yàn)證過的數(shù)據(jù)）。
北京畢特博生物技術(shù)有限責(zé)任公司 http://www.pyjb.com.cn 400熱線：400-833-9299 電話：010-82015225 傳真：010-62015131 聯(lián)系人：陳娉樺 QQ:358411186 E-mail:chenph1989@163.com |
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